El 29 de Noviembre de 1996 el Gobierno de Colombia y el Alto Comisionado de las Naciones Unidas para los Derechos Humanos, suscribieron un Acuerdo relativo al establecimiento en Colombia de una oficina del Alto Comisionado. La Oficina, fue el resultado de intensas negociaciones entre el gobierno de Colombia y el Alto Comisionado. Por su parte, las organizaciones de Derechos Humanos mediante una estrategia de trabajo conjunto entre la recientemente creada Coordinación Colombia Europa (CCEEU) y un grupo de agencias europeas de cooperación y organizaciones de DD.HH integrantes de OIDHACO, jugaron un importante papel en la definición del mandato y alcance de la Oficina. La oficina entro en operaciones en Colombia abril, de 1997 bajo la dirección de la Diplomática Española Almudena Masarraza y un equipo de funcionarios integrado por: Cristina Iparraguirre, Bjorn Peterson, Mercedes Asorati, Javier Hernández y Rainer Huhle. La CCEEU junto con OIDHACO, desplegaron también un importante papel de incidencia para la conformación del Equipo de la Oficina, proponiendo candidatos para integrarla. Aunque su labor fue efectiva en la selección de los integrantes del Equipo, no lo fue así, en la elección de su directora.
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